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Le Muséum d’Histoire naturelle de la Méditerranée est installé dans l'ancienne Villa Henderson, sur une superficie d'environ 12 000 mètres carrés. Les espaces d'exposition, rénovés dans les années 1980 par l'architecte Giuseppe Milanesi, ont été aménagés dans le bâtiment moderne qui jouxte la villa. D'autres travaux d'agrandissement ont conduit à la réalisation de la Sala del Mare dédiée aux cétacés de la Méditerranée. Parmi les autres zones d’exposition, le Muséum compte la Sala di Geopaleontologia, la Sala dell’Uomo e dell’Uomo nel Mediterraneo, la Sala di Zoologia, la Sala degli Invertebrati, les Jardins botanique et ethnobotanique et le Planétarium. En 2003, le Centre d'éducation à l'environnement a été inauguré, composé d'une série de laboratoires dotés d'équipements modernes et dédiés aux écoles de tous niveaux.

Le Muséum provincial d'Histoire naturelle de Livourne a été créé en 1929, à partir de l’important matériel scientifique du cabinet d'Histoire naturelle de l'Institut Regio Istituto Commerciale e Nautico, collecté entre 1871 et 1909 par de prestigieux naturalistes de Livourne. Malheureusement, la quasi-totalité du patrimoine naturel a été détruit lors des bombardements de 1944. Après la guerre, le Muséum a été transféré à l'Aquarium municipal et fut rouvert au public, en 1952, grâce au travail inlassable du professeur Alberto Razzauti ainsi qu’à la générosité des habitants de Livourne. En 1980, le Muséum est enfin transféré à son emplacement actuel, à savoir la Villa Henderson. La Sala dell'Uomo présente de nombreux moulages et vestiges d’origine qui accompagnent le visiteur à travers les phases de l'évolution de l'espèce humaine depuis la nuit des temps jusqu’à l'ère de l’Homo sapiens. Dans la Sala di Geopaleontologia, il est possible de suivre, selon un parcours chronologique, l'évolution de la vie sur Terre. Une grande exposition minéralogique vient également enrichir la salle. Dans la Sala di Zoologia dei vertebrati, de nombreux spécimens d'animaux taxidermisés issus des vastes collections historiques du Muséum montrent au visiteur les caractéristiques des poissons, amphibiens, reptiles, oiseaux et mammifères du bassin méditerranéen. Suite aux récents travaux de rénovation, les animaux sont désormais placés dans des dioramas dans lesquels il est possible de les observer immergés dans leur environnement naturel. Un cinquième parcours, inauguré en 2009 et intitulé « il Volo in Natura » offre un aperçu des stratégies mises en place par les organismes végétaux et animaux pour conquérir le milieu aérien. À l'intérieur du Jardin historique, se trouve la Sala degli Invertebrati, dédiée aux nombreuses variétés d'êtres vivants appartenant à la catégorie des invertébrés aquatiques et terrestres. Dans la Sala del mare, en plus des dioramas qui reconstituent les environnements côtiers et marins de la Méditerranée, on peut observer une série de squelettes de cétacés dont le spécimen de rorqual commun découvert à Piombino en 1990. La salle compte un secteur spécifiquement consacré à l'archéologie sous-marine. Le Jardin botanique du Muséum, inauguré en 2000, couvre une superficie de 5000 mètres carrés, prolongeant à l'extérieur les secteurs d'exposition du complexe muséal. Il est dédié à la flore et à la végétation du bassin méditerranéen, et plus précisément à la province de Livourne et à son archipel. La section Astronomie du Muséum est située au premier étage du pôle d’exposition. Le Planétarium est équipé d'un dôme de 5 mètres de diamètre et peut accueillir jusqu'à trente personnes à l'intérieur. Le Muséum d'Histoire naturelle de la Méditerranée est le chef de file du Réseau des Musées et Parcs de la Province de Livourne dont les structures adhérentes proposent de qualifier, par le biais d’actions communes et coordonnées, l'offre muséale, également par la diversification et l'augmentation progressive des propositions destinées aux différentes catégories de public de référence.

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