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Il Museo di Storia Naturale del Mediterraneo ha sede presso l'antica Villa Henderson e si estende su un’area di circa 12.000 mq. I settori espositivi, rinnovati negli anni '80 ad opera dell'architetto Giuseppe Milanesi, sono situati nella moderna costruzione adiacente la villa. Ulteriori lavori di ampliamento hanno portato alla realizzazione della Sala del Mare dedicata ai Cetacei del Mediterraneo. Completano l'esposizione la Sala di Geopaleontologia, la Sala dell’Uomo e dell’Uomo nel Mediterraneo, la Sala di Zoologia, la Sala degli Invertebrati, l'Orto Botanico e l’Orto Etnobotanico, il Planetario. Nel 2003 è stato inaugurato il Centro di Educazione Ambientale composto da una serie di laboratori dotati di moderne attrezzature e dedicato alle scuole di ogni ordine e grado.

Il Museo Provinciale di Storia Naturale di Livorno fu istituito nel 1929 sulla base del ricco materiale scientifico del Gabinetto di Storia Naturale del Regio Istituto Commerciale e Nautico, raccolto tra il 1871 ed il 1909 da illustri naturalisti livornesi. Purtroppo durante i bombardamenti del 1944 il patrimonio naturalistico andò quasi completamente distrutto. Dopo la guerra il Museo fu trasferito presso l'Acquario Comunale e nel 1952 fu riaperto al pubblico grazie all’infaticabile opera del Prof. Alberto Razzauti ed alla generosità dei cittadini livornesi. Nel 1980, finalmente il Museo viene trasferito nell'attuale sede di Villa Henderson. Nella Sala dell'Uomo sono esposti numerosi reperti in calco ed originali che guidano il visitatore attraverso le fasi dell'evoluzione della specie umana dagli albori fino a Homo sapiens. Nella Sala di Geopaleontologia è possibile seguire, secondo un percorso cronologico, l'evoluzione della vita sulla Terra. Nella sala è presente anche un’ampia esposizione mineralogica. Nella Sala di Zoologia dei vertebrati numerosi esemplari di animali tassidermizzati, provenienti delle ampie collezioni storiche del Museo, illustrano al visitatore le caratteristiche di pesci, anfibi, rettili, uccelli e mammiferi dell’area mediterranea. Gli animali, dopo la recente ristrutturazione, sono collocati in diorami nei quali è possibile osservarli immersi nel loro ambiente naturale. Un quinto percorso, inaugurato nel 2009, riguarda il Volo in Natura ed offre una panoramica sulle strategie elaborate dagli organismi vegetali ed animali per conquistare l’ambiente aereo. All'interno del giardino storico è presente la Sala degli Invertebrati, dedicata alle numerose varietà di esseri viventi appartenenti alla categoria degli invertebrati, acquatici e terrestri. Nella Sala del mare, oltre a diorami che ricostruiscono ambienti marini e costieri mediterranei, sono esposti una serie di scheletri di cetacei tra cui spicca l’esemplare di Balenottera comune rinvenuta a Piombino nel 1990. Un settore della Sala è specificamente dedicato all’archeologia subacquea. L’Orto botanico del Museo, inaugurato nel 2000, si estende su una superficie di 5000 mq proseguendo all’esterno i settori espositivi del complesso museale. È dedicato alla flora e vegetazione del bacino del Mediterraneo, con particolare riferimento alla provincia labronica e al suo Arcipelago. La sezione di Astronomia del Museo è situata al primo piano del Centro espositivo. Il Planetario è dotato di una cupola di 5 metri di diametro e può ospitare al suo interno fino a trenta persone. Il Museo di Storia Naturale del Mediterraneo è capofila della Rete dei Musei e Parchi della Provincia di Livorno i cui soggetti aderenti si propongono di qualificare, attraverso azioni comuni e coordinate, l’offerta museale, anche mediante la diversificazione e l’incremento progressivo delle proposte rivolte alle varie categorie di pubblico di riferimento.

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